A regra geral é a de que se usa o feminino porque se subentende a palavra "empresa"/"companhia"/"sociedade"/"associação": a (empresa) Microsoft.
Mas há de facto exceções. Para algumas classes de empresas, subentendem-se outros termos como "banco":
(1) O [banco] Barclays escolheu o antigo banqueiro do [banco] JPMorgan, Jes Staley, para CEO.
No caso do J.P. Morgan, também se pode contudo usar o feminino. Porquê não sei.
Outro tipo de empresas com que subentende outra palavra são "fundo de investimento" e "supermercado":
(2) O [fundo] Mill Residential Reit, o primeiro fundo de investimento britânico que comprava casas para depois as colocar no mercado de arrendamento (conhecido como “buy-to-let”), encerrou menos de um ano depois de entrar na bolsa.
(3) O [supermercado] Lidl Portugal é mais uma vez a cadeia de distribuição que mais Maçã de Alcobaça embalada comprou e vendeu no decorrer da campanha de comercialização 2014/2015.
No entanto, se o fundo ou o supermercado for distinto da empresa que o detém, usar-se-á na mesma o feminino para a empresa.
O caso dos sites é mais ambíguo. Pode dizer-se "o/a Google" ou "o/a Yahoo" para referir a empresa (mas apenas "o" para referir o site). O masculino usar-se-á tanto mais quanto, na mente do falante, o site se confunde com a empresa.
A outra exceção ocorre quando o nome da empresa é um nome comum, mesmo que seja uma sigla ou até uma palavra inglesa (mas nesse caso menos marcado):
(4) Os CTT [Correios, Telégrafos e Telefones] foram privatizados em 2013.
Penso que é esta a principal razão por que "a Facebook" é muito incomum. "Book" significa "livro" em português, que é um nome masculino.
Este fenómeno ocorre com outros tipos de nomes:
(5) Compra isso antes na Amazon.
Repara que (5) se refere ao site, não à empresa e que mesmo assim se usa "a" ("Amazónia" é feminino).