Na Argentina e outros países latinoamericanos, assim como na Espanha, a expressão en pelota(s) (andar ~, ir ~, estar ~, etc.) é usada com o mesmo significado. Na Argentina pelo menos pelotas é um sinônimo coloquial/vulgar de testículos (também bolas), e eu sempre tinha relacionado esse uso com a expressão en pelota(s), ainda que seja aplicada também a mulheres, mas essa é uma interpretação posterior (um reanálise). Segundo a Wikipédia em espanhol, en pelota vem
da expressão medieval en pellote, "ir vestido em roupa de casa" ou, mas específicamente, com o pellón, pellote ou pelote...
que até o século XVII significava só isso ("meio vestido, vestido com roupa de casa que a gente não usa para sair em público"), mas já no s. XVIII passa a significar "nu", "sem roupa", e no s. XIX é reanalizada como en pelotas e fica relacionada às pelotas masculinas (os testículos).
Daí devo supor que o desenvolvimento da expressão foi aproximadamente o mesmo em português.