Criptografar é consensual e vem em todos os dicionários; já encriptar, neste sentido, vem apenas em alguns, nomeadamente no Priberam (2), Infopédia (versão digital da Porto Editora) e Dicio; Cláudia Pinto na FLiP (associada ao Priberam) diz que vem também nos dicionários Aurélio (1999) e Porto Editora (2004); mas não vem, neste sentido, no Aulete, Michaelis, no Houaiss (Lisboa, 2002; não sei se vem no Houaiss de 2009) nem no dicionário da Academia das Ciências de Lisboa (2001).
No entanto há pelo menos vintes anos que encriptar (Google Books), a par de criptografar (Google Books), aparece com frequência em livros. A razão do tratamento desigual nos dicionário é que enquanto criptografar é uma palavra consagrada há muito tempo, encriptar é uma adaptação recente do inglês encrypt, que por sua vez é, segundo o Etymoline, um neologismo registado apenas a partir de 1968.
O exemplo de mais antigo que encontrei do verbo encriptar foi neste Jargão: o dicionário informal dos termos da informática de 1994. Criptografar é bem mais antigo. Cryptographia já vem no dicionário Moraes Silva de 1831, definido como:
CRYPTOGRAPHIA, s. f. Arte de escrever de um modo occulto e inteligivel a qualquer outra pessoa que não seja aquella, a quem o escripto é dirigido.
O verbo já estava em uso em 1912 (Brazil-ferro-carril):
[…] permitte communicar em absoluto segredo noticias e ordens cryptographadas
Agora, a minha previsão é que pelo contacto com o inglês encryp, encriptar vai continuar em uso, e vai ser uma mera questão de tempo para que apareça em todos os dicionários. Entretanto, como diz na Cláudia Pinto no artigo da FLiP, a decisão de usar ou não encriptar fica ao critério de cada um. Ela argumenta no entanto que não razão para a oposição e que a palavra é “bem formada”. Aliás, a palavra já existia antigamente, mas apenas com o significado de ‘meter em cripta ou em túmulo’; a cripta (Aulete) é uma galeria subterrânea existente em algumas igrejas. Mas já o dicionário de Cândido de Figueiredo de 1899 classifica este termo como “antigo”.
Os dicionários apresentam também com o mesmo significado cifrar (Aulete 1) e codificar (Aulete 4 e 6); mas qualquer destas palavras tem também vários outros significados. O Priberam, que parece ser o mais aberto a inovações, indica também criptar.
Quanto à operação inversa, no Google Books o mais frequente parecer ser decriptar, depois descriptografar e desencriptar, e o menos frequente, descriptar. Decriptar vem no Aulete (que não tem nem criptar nem encriptar), descriptar no dicionário inglês-português da Porto Editora e desencriptar no Priberam. Em princípio, admitindo a existência de encriptar, o falante é livre de criar palavras necessárias por prefixação, seja a partir de encriptar, dando desencriptar, seja do seu componente criptar, dando decriptar ou descriptar.
Já agora, se precisares de uma palavra para ‘ato de encriptar/criptografar’, a minha preferência vai para encriptação, que encontrei apenas no Priberam e Infopédia. Criptografia vem em todos os dicionários, mas sugere mais ‘técnicas, arte de criptografar’ do que ‘ato de criptografar’, e é isso que dizem os dicionários. Poderíamos criar criptografação ou criptografagem, mas para o meu gosto são demasiado compridas e desajeitadas.