Embora é uma contração das palavras "em boa hora", usada no sentido de ir a algum lugar ou como conjunção com o sentido de "apesar de".
Por que a palavra embora não é utilizada no seu sentido original?
Há certa discussão etimológica a respeito da palavra. Aparentemente os dicionários de língua portuguesa não concordam entre eles.
Neste artigo, a questão é explicada em detalhes. Aparentemente, o emprego de "embora" como conjunção concessiva parte da mesma ideia da etimologia original, que seria o afastamento entre elementos. Ou seja, essa semântica de contraponto serviu para dar um novo sentido à palavra. A conjunção concessiva serviria como afastamento de argumentos.
Deixo aqui a opinião de Said Ali na Gramática Histórica da Língua Portuguêsa (1921), aqui transcrita com a ortografia revista para a edição (brasileira) de 1964:
Pôsto que a instituição dos oráculos e agouros estivesse morta desde muito tempo, perdurou na era medieval, e ainda na idade moderna, a crença de que o êxito dos atos humanos dependia da hora em que eram empreendidos. Daí o costume de se acrescentar a frases optativas ou imperativas, por sinceridade, ou mera cortesia, a locução em boa hora. Se dominava a má vontade para com outrem, e convinha manifestá-la, recorria-se, pelo contrário, ao agouro em hora má.
[omitido; sobre em hora má e a sua transformação em eramá, ieramá, aramá e amará]
O agouro benevolente enunciado pela fórmula em boa hora entende-se claramente de passos como os seguintes:
Vaamos em bora hora nosso caminho (Zurara, Guiné 337) — Que dissesse em boa hora o que lhe aprouvesse (ib. 186) — Venhaes em boa hora... e nam perdoeis a minhas orelhas, porque já entendo ao que vindes; avezado sou a ouvir cousas que me dão pena (Arrais 555)
Fundiu o uso as três palavras em uma só, embora, sendo adotada sem o mínimo de escrúpulo pela linguagem literária. Deixando em silêncio, por desnecessários, outros muitos exemplos de escritores antigos e modernos, mencionarei apenas isto de Vieira: Vay-te embora, ou na má hora (Serm. 1, 208)
- Tornou-se usual acompanhar a forma imperativa de ir e vir dos votos de bom êxito. Esta noção, compreendida no advérbio embora, desluziu-se da consciência hodierna, que confusamente descarrega nêle o conceito de “afastamento”, como se os verbos não dissessem já a mesma cousa. Com êste critério, e desconhecendo-se o sentido que outrora teve o advérbio embora, torna-se ininteligível o seu emprêgo junto a verbos que denotam repouso, v. g. em Vieira, Serm. 11, 422:
Queria Christo introduzir o Sacramento, e lançar fora o cordeiro da Ley, e para isso permittio que o cordeiro estivesse embora na mesma mesa com o Sacramento: que desta maneira se desterram com suavidade as sombras das leys velhas… Estejão agora juntos o Sacramento e do Cordeiro, que amanhã ir fora o cordeiro e ficará o Sacramento.
Não se usou êste advérbio sòmente para augurar bem ou desejar hora propícia às emprêsas humanas. Introduziu-se também em orações optativas e outras para denotar que se concede a possibilidade do fato, ou que o indivíduo que fala não se opõe ao seu cumprimento. Da alteração semântica dão testemunho os seguintes passos:
Ria embora quem quizer, que eu em meu siso estou (Gil Vicente) — Respondeu por vezes que morressem muito embora, que melhor era morrerem cá que no sertão, porque morriam baptizados (Vieira, _Cartas 1, 118) — O que está mais longe perca-se embora (_ibl 1, 463) — As promessas do premio dilatem-se embora (Vieira, Serm. 2, 395) — Honrem-se embora com estas arvores os seus montes, que os nossos valles não hão mister quem procure a sua exaltação (ib. 5, 360) — Mate-me embora, comtanto que seja imperador (ib. 5, 466) — Mas Francisco Xavier, venha-lhe embora a tentação dormindo, que dormindo e acordado, sempre está seguro (_ib. 8, 104)
Desta prática veio o transforma-se, em português hodierno, o advérbio embora em conjunção concessiva, mudando-se naturalmente a contextura das orações. A principal passou a servir de subordinada, e a correlata despe-se da partícula que, convertendo-se em principal, dizendo-se v. g.: embora honrem essas árvores os seus montes, os nossos values não hão mister quem procure a sua exaltação. Em Filinto Elísio 14, XIX já se encontra: embora cumpra o traductor com esses tres deveres.
A palavra "embora" tem sua origem na locução "em boa hora" (Vá-se "embora"). Três radicais se aglutinaram, concorrendo para a sua formação. É o mesmo que ocorre com "fidalgo", na origem "filho d'alikon", o quinhão sagrado da terra, entre os muçulmanos. "Fonseca" vem de "fonte seca"; "morcego", de "rato (mur) cego".
Então como foi citado ai em cima, eu acho que não tem explicações concretas já que simplesmente pegaram algumas palavras, juntaram, e por algum motivo, deram um significado totalmente diferente.
