Eis a explicação dada pelo Houasiss:
Latim vulgar *calcea, derivado de calcĕus no sentido de 'calçado, sapato'; antes significava 'meia', pois os romanos, que não usavam nem meias nem calças, aprenderam com os germanos, que habitavam um clima frio, o uso dessas peças de vestuário e as designaram com a palavra usada para sapato; com o passar dos tempos, as calças foram encompridando até cobrir o corpo, dos pés à cintura; no século XVI, as calças se dividiram em duas partes: a que cobria a barriga e as coxas manteve o mesmo nome (calças ou calça) e a que cobria as pernas e o pé ficou sendo chamada de meia calça, depois meia, com a elipse de calça.