Do Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa consta que SARS-CoV-2 é masculino e COVID-19 é feminino.
Quando a palavra é totalmente estranha à evolução natural da língua — e.g. siglas e nomes científicos —, a regra geral é que o gênero é aquele do especificador subentendido (o que determino por inspeção, por ora):
No caso que você traz, tende-se a tratar COVID-19 como a doença, pois vem de Coronavirus Disease 2019, e SARS-CoV-2 como o vírus, pois vem de Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2. Logo,
- O [vírus] SARS-CoV-2 tem ARN como material genético.
- A [doença] COVID-19 causa mais problemas que a gripe.
Porém, como em alguns casos pode haver múltiplos especificadores comuns, o gênero pode mudar dependendo do contexto ou do especificador que o autor da frase prefere. Por exemplo,
- Ele estacionou seu [carro] Chevrolet ao lado do hidrante!
- Em geral, a [marca] Toyota se saiu melhor que a [marca] Chevrolet no quesito eficiência energética.