Para ver isto bem é melhor termos mesmo dois nomes: por exemplo, Ana Morais e Afonso Maia. Numa coisa realmente formal será a tua primeira sugestão:
Bom dia, Ana Morais e Afonso Maia.
A última, nem pensar. Ficaria:
Bom dia, Ana Morais Afonso Maia
Isto seria a maneira de nos dirigirmos a uma pessoa chamada Ana Morais Afonso Maia, não a duas pessoas. Não havendo esse nome, e sim uma Ana Morais e um Afonso Maia, os recipientes compreenderiam, mas seria o oposto de formal: seria escrita atabalhoada.
A do meio é única que pode gerar dúvidas. Aquilo que é aceite em ambiente informal varia ao longo do tempo e de ambiente para ambiente; e há diferentes níveis de formalidade. No entanto, o padrão é os dois últimos itens de uma lista virem separados por um e e não por vírgula. Pode ser que haja ambiente formais em que se tenha normalizado o uso de usar só vírgulas, mas na dúvida, vai pelo seguro, e separa os dois últimos nomes com um e. Ninguém te poderá censurar. Comparemos as duas possibilidades noutra situação:
Fui a um safári. Vi leões, gazelas, hienas e zebras.
Fui a um safári. Vi leões, gazelas, hienas, zebras...
A primeira possibilidade pede um ponto final no fim: terminaste a enumeração. A segunda faz sentido com reticências no fim, indicando que viste mais animais que além dos indicados. Na fala, isto corresponde a uma maneira descontraída de falar; imagina aquilo dito com bastante ênfase em cada animal. Só que esta entoação não é apropriado numa comunicação formal, e definitivamente não no vocativo